长期吃牡蛎肽的危害是胃肠损伤和过敏等，具体需要根据个人身体情况决定。长期吃牡蛎肽可能会加重胃肠负担，会出现腹部肿胀和腹部疼痛，严重时还会引起腹泻。牡蛎肽当中含有丰富的蛋白质敏感体质人群在长期吃之后可能会出现过敏反应，会出现皮肤上长红色疹子和局部瘙痒，还会伴随喉头水肿等危害。